Tiền thân của Câu lạc bộ bóng đá Nam Định là đội Cotonkin (đã 2 lần vô địch Đông Dương các năm 1943 và 1945). Năm 1943 là lần đầu có giải bóng đá Đông Dương.
Câu lạc bộ chính thức được thành lập năm 1965 với tên gọi Thanh niên Nam Hà (Thời gian này Nam Hà gồm tỉnh Hà Nam và Nam Định nhập lại).
Năm 1981, lên hạng A1 (hạng cao nhất thời gian này).
Năm 1985, với lứa cầu thủ chất lượng của quê hương như danh thủ Nguyễn Văn Dũng, Đặng Gia Mẫn... với sự dẫn dắt tài tình của Huấn luyện viên Lâm Ngọc Lập đội lần đầu tiên vô địch hạng A1 với tên gọi Công nghiệp Hà Nam Ninh (tiền thân của V-League hiện nay) và hiện tại chức vô địch này cũng là chức vô địch quốc gia duy nhất của Câu lạc bộ.
Năm 1998, Thi đấu tại Giải hạng nhất Quốc gia và đứng ở vị trí thứ 8 chung cuộc.
Năm 1999, Câu lạc bộ Nam Định tham gia thi đấu tại Giải bóng đá tập huấn mùa xuân (thay cho Giải hạng nhất Quốc gia 1999).
Năm 2000, Câu lạc bộ Nam Định tham gia giải bóng đá bán chuyên nghiệp đầu tiên và thi đấu rất thành công và được cổ động viên nhà phong cho biệt danh "Kẻ thách thức V-League" và xuất sắc đứng ở vị trí thứ 2 trung cuộc.
Ngày 22 tháng 8 năm 2003, đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp Sông Đà-Nam Định. Đồng thời đổi tên sân vận động từ Chùa Cuối thành Thiên Trường.
Năm 2006, tên câu lạc bộ được đổi thành Câu lạc bộ Mikado-Nam Định.
Năm 2007, câu lạc bộ một lần nữa đổi tên thành Câu lạc bộ Đạm Phú Mỹ-Nam Định và thi đấu rất thành công tại cúp quốc gia giành quyền vào chung kết gặp CLB Bình Định và giành chiến thắng 1-0 để lần đầu tiên giành cúp quốc gia trong lịch sử Câu lạc bộ.
Sau mùa bóng thi đấu không được như ý (chỉ cán đích ở hạng 12 V-League), Câu lạc bộ bóng đá Nam Định đã chia tay với Đạm Phú Mỹ. Sau đó Mikado đã trở lại, CLB lại mang tên Mikado Nam Định.
Năm 2009, đội bóng được đổi tên thành Megastar Nam Định.
Năm 2010, đội Megastar Nam Định (huấn luyện viên Nguyễn Ngọc Hảo, Lê Văn Tuấn) thi đấu không thành công và đứng cuối bảng xếp hạng với 3 trận thắng, 3 trận hòa, 20 trận thua, tổng số điểm 12 và chia tay với giải V-League để xuống đá ở giải hạng nhất quốc gia sau 10 năm ở giải chuyên nghiệp.
Từ năm 2011, đội bóng lấy lại tên cũ là Mikado Nam Định thi đấu ở hạng Nhất quốc gia và phải xuống hạng nhì chỉ sau 1 năm.
Năm 2012, Mikado Nam Định đã thất bại trong cuộc đua thăng hạng nhất sau thất bại trên chấm phạt đền trước đội trẻ Khánh Hoà ở bán kết.
Năm 2013, Câu lạc bộ bóng đá Nam Định thất bại trong cuộc đua tranh lên hạng nhất 2014, trận 1 thua Tây Ninh 0-1, trận 2 thua Đắc Lắc 0-1
Năm 2018, Câu lạc bộ bóng đá Nam Định đứng thứ 13 tại V-League và thi đấu trận Playoff với Clb Hà Nội B tranh tấm vé duy nhất cho 1 suất chơi ở V-League 2019. Đội đã xuất sắc dành chiến thắng trước Hà Nội B với tỷ số 5-3 sau loạt sút penalty đầy cân não (hòa 0-0) sau 90 phút căng thẳng, qua đó tiếp tục ở lại V-League 2019.
Năm 2019, Câu lạc bộ bóng đá Nam Định ra mắt nhà tài trợ Công ty cổ phần Dược phẩm Nam Hà đổi tên thành Câu lạc bộ Bóng đá Dược Nam Hà Nam Định để thi đấu tại giải bóng đá vô địch quốc gia V-League 2019. Tại mùa giải đó, đội đã hoà kịch tính 2-2 trước Hoàng Anh Gia Lai.
Năm 2020 Câu lạc bộ bóng đá Nam Định tham gia V-League với nhiều nhân tố mới, trong đó đáng chú ý có suất cầu thủ nhập tịch của Đỗ Merlo - người vốn chơi cho SHB Đà Nẵng mùa giải trước. Tại Cúp quốc gia, đội đã thắng thuyết phục và xứng đáng trước Câu lạc bộ Hoàng Anh Gia Lai 2-0 ngay trên sân nhà Thiên Trường ở vòng 1 nhưng ở vòng 1/16, đội gặp Than Quảng Ninh trên sân khách và phải nói lời chia tay sau những loạt sút luân lưu đầy cân não. Tại vòng 4 V-League 2020, đội làm khách trên sân của Hoàng Anh Gia Lai.
